TP53和EGFR突变在匹配的原发肿瘤和转移肿瘤之间高度一致。
为了研究肿瘤间的异质性,已识别的基因改变被分类为共享的(存在于原发和转移肿瘤中)或私有的(仅存在于原发和转移的肿瘤中)突变。23我们观察到LIM队列中肿瘤间的同质性明显更高,被鉴定为共享的基因突变的中位数为%(范围为%-%)。这与BRM队列中发现的%(范围为%-%)共享基因突变的中位数形成鲜明对比。
LIM-P和LIM-M之间的TMB相似(p>)。
然后,我们利用皮尔逊相关分析计算突变相似度,以描述配对的原发肿瘤和转移肿瘤之间突变特征的一致性和差异性。如图1E和1F所示,我们观察到LIM组LIM-P和LIM-M之间的突变一致性较高,而BRM组BRM-P和BRM-M之间的突变一致性有限。统计分析表明,LIM组突变相似性的皮尔逊相关系数显著高于BRM组(p=)。
我们用皮尔逊相关分析研究了配对的原发瘤和转移瘤之间CNV分布的不一致性。结果显示,LIM-P和LIM-M之间的CNV模式高度相似,10例中有9例(%)的Pearson相关系数大于。然而,配对的BRM-P和BRM-M之间的CNVS模式高度不一致,11例中只有4例(%)的Pearson相关系数大于。统计分析表明,LIM组的CNV相似性显著高于BRM组(p=)。
总共有42条通路在这些样本中显著富集,与LIM-P相比,LIM-M具有独特的显著丰富的转移相关通路,如Notch信号和ECM-受体相互作用。Notch信号也在BRM-M中丰富,但在BRM-P中不丰富。并且,BRM-M,还有许多
独特的途径,如药物代谢、几种免疫相关途径、细胞凋亡和错配修复。为了了解BRM-P和BRM-M中的通路水平相似性是否也比LIM-P和LIM-M中的降低,我们进行了通路特征分析,并计算了样本组之间的通路水平相似性(参见材料和方法)。事实上,与它们相匹配的原发肿瘤相比,BRM-M有明显不同的途径富集,而LIM-M有更多相似的通路。(p=)。
2.配对原发和转移性肿瘤的系统发育关系
为了研究LIM和BRM的进化过程(例如,线性与平行发展模型4),我们研究了原发肿瘤和它们匹配的转移瘤之间的系统发育关系。我们推断了基因组改变的序列,然后使用两种独立的算法重建了每种情况下的系统发育树。我们在图3A中列出了每组的三个有代表性的案例。
3.配对BRM的转移内和转移间同质性
由于BRM在配对
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